Dato che l'interfaccia di FreeCAD è basata sul moderno toolkit Qt, essa dispone di una organizzazione ottimale. Si possono modificare, spostare, condividere tra i vari ambienti di lavoro widget, menu, barre e altri strumenti. Si possono creare e modificare le scorciatoie da tastiera. Si possono registrare e riprodurre le macro.
La finestra di personalizzazione è accessibile dal menu Strumenti → 
Personalizza:
La scheda Comandi consente di esplorare tutti i comandi disponibili in FreeCAD, organizzati per categorie.
In Tastiera, è possibile vedere le scorciatoie da tastiera associate a ogni comando di FreeCAD, e volendo, si può modificare o assegnare un nuovo collegamento a qualsiasi comando. Quando si usa sovente uno specifico ambiente di lavoro, questo permette di velocizzare il suo utilizzo tramite la tastiera.
La scheda Barre degli strumenti consente di modificare le barre degli strumenti esistenti, o di creare nuove barre degli strumenti personalizzate.
La scheda Macro consente di gestire le Macro salvate in precedenza.
Le schede successive permettono di impostare le azioni di Spaceball (se installato)
Vedere anche il tutorial per creare la Barra personalizzata degli strumenti macro
Nella versione 0.16 è disponibile un nuovo strumento che permette di gestire gli ambienti di lavoro.
Come esempio del flusso di lavoro, supponiamo di voler avere la funzione "Misura Lineare" mostrata anche in una barra degli strumenti personalizzata nell'ambiente Draft.
- dal menu principale di FreeCAD scegliere "Strumenti -> Personalizza"
- selezionare la tabella "Barre degli strumenti"
- sul lato sinistro scegliere "Part" nel menu a discesa
- sul lato sinistro della finestra scorrere in basso fino alla voce "Misura Lineare" e selezionarla
- sul lato destro scegliere "Draft" nel menu a discesa
- cliccare su "Nuova..." per creare una nuova barra degli strumenti e definire il suo nome
- ora selezionare la barra degli strumenti di destinazione nella finestra in basso a destra (è necessario solo se si dispone di più di una barra degli strumenti)
- cliccando sulla "Freccia destra" di colore blu (l'icona in alto nella fila centrale) si aggiunge la voce selezionata alla barra degli strumenti selezionata
Osservazioni:
- quando si seleziona "Global" nel menu a tendina sulla parte di destra si crea una barra degli strumenti che sarà visibile in tutti gli ambienti
- per aggiungere ad una barra degli strumenti una macro installata è necessario
- selezionare "Macro" nel menu a discesa sul lato sinistro
- aver assegnato il testo del menu, l'icona (Pixmap) e così via utilizzando il menu "Strumenti -> Macro -> Personalizza"